Una vez nos hemos decidido por una configuración hardware, comprado los equipos, e instalado físicamente los mismos, podemos continuar con la instalación del software en el cluster. Primero tenemos que instalar y configurar una distribución Linux en ambos equipos del cluster, a continuación hay que instalar y configurar el software Kimberlite, y finalmente, hay que definir y configurar los distintos servicios ofertados por el cluster. En las siguientes secciones se describen en detalle estos pasos.