[LinuxFocus-icon]
Ev  |  Eri�imd�zeni  |  ��indekiler  |  Arama

Duyumlar | Belgelikler | Ba�lant�lar | LF Nedir
Bu makalenin farkl� dillerde bulundu�u adresler: English  Castellano  ChineseGB  Deutsch  Francais  Italiano  Nederlands  Turkce  

convert to palmConvert to GutenPalm
or to PalmDoc

[Photo of the Author]
taraf�ndan Egon Willighagen
<egonw(at)linuxfocus.org>

Yazar hakk�nda:

N�jmegen �niversitesinde, kimya dal�nda ald��� master derecesinden sonra, ayn� �niversitede doktoras�n� molek�llerin g�r�nt�lenmesi konusunda yapmaktad�r. Basketbol oynuyor ve Java ile uygulamalar yaz�yor.



T�rk�e'ye �eviri:
T�lin Kaman <tkaman(at)be.itu.edu.tr>

��erik:

 

Bilimsel Makale Yaz�m�nda BibTeXM'in DocBook XML'deki Kullan�m�

[Illustration]

�zet:

Bu makalede, BibTex gibi bir referans sistemini DocBook XML ile nas�l kullanabilece�inizi g�sterece�im. Bunun i�in i�lemleri kolayla�t�ran, JReferences da��t�m paketleri olan baz� ara�lar geli�tirdim.


_________________ _________________ _________________

 

Giri�

Latex kullan�c�lar� BibTex'in nas�l yararl� oldu�unu bilirler. Her �ekilde do�ru olacak ger�ek ��kt�ya �ok fazla �nemsemeden bilimsel yap�tlara refererans ekleyen �ok uygun bir ara�. �rne�in; do�ru ayarlar� vererek, ancak hi� elle ayar yapmadan. Aynen Latex'in kendisi gibi. Ayr�ca, bilimsel yap�tlarda �stsimge say�larla referanslar� numaraland�rmak yayg�nd�r, bunun gibi 1. Ek olarak, bu say�lar ard���k bir d�zende olmal�d�r. BibTex buna da dikkat eder.

A��k XML tabanl� s�zdimi, sanaldoku y�releri (�rnek: the CDK sanaldoku y�resi, http://cdk.sf.net/, tamamen DocBook'da yaz�lm��t�r ) ve ki�isel sayfalar�n yap�m� i�in b�y�k deste�inden �t�r� DocBook her ge�en g�n benim favori belge yaz�m arac�m olma yolunda ilerliyor. Benim i�in di�er ad�m, bilimsel makalelerin yaz�m�nda DocBook kullan�m� idi. Bu nedenle DocBook i�in Bibtex'e gereksinim vard�. Bundan �t�r�, JReferences '� yazd�m.

JReferences Bibtex'in yapt���ndan biraz daha fazlas�n� yapar. BibTex gibi, d�z metin veritaban�ndaki referanslar� otomatik numaraland�ran ara�lar� vard�r, hatta daha fazlas� vard�r. Daha fazla bi�imlere (hem girdi hem de ��kt�) destek verir, PHP �nplan� ile eri�ilebilen MySQL arkaplana sahiptir. Ayn� zamanda referans veritaban� olmay� dener, EndNote gibi. Halbuki, a��k kaynak projesi (GPL lisans) iken benim d���mda bir�ok geli�tiriciyi hala etkileyememi�ti. Yarars�z olmamas�na ra�men, bu makalede ben size ba�ka t�rl� g�sterece�im.

Bu makale yay�mland���nda, JReferences 0.7.2 versiyonuna kadar geli�tirilmi�ti. Bu nedenle bu makale bu versiyonu i�ermektedir.

 

DocBook Makalesi

JReferences paketinde bulunan �rne�i ele alal�m.

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC
"-//JReferences//DTD DocBook JReferences Module //EN"
                         "../dtd/jreferences.dtd" []>
<article>

  <jref:mode>Number</jref:mode>

  <articleinfo>
    <title>Test Article</title>
    <author><firstname>Egon</firstname>
	<surname>Willighagen</surname></author>
    <date> 3 May 2000</date>
  </articleinfo>

  <section>
    <title>Some section</title>
    <para>This is a text with a reference
   <jref:cite id="Steinbeck99"/>.</para>
    <para>And now for some more serious tests, we
    add a second reference <jref:cite id="Bachrach99"/>.
    And again the first reference <jref:cite id="Steinbeck99"/>.
    </para>
  </section>

  <jref:reflist/>

</article>

Bu �rne�i sat�r sat�r a��klayaca��m. �lk sat�r, XML olan bu dosyan�n s�zdizimini g�steren, genel(zorunlu olmayan) sat�r�n�z. �kinci sat�rdan d�rd�nc� sat�ra olan k�s�m, kullan�lan XML dilinin DocBook oldu�unu ifade eder, gene de normal DTD yerine JReferences birimi kullan�l�r. Normal DocBook XML, JReferences'� ile ilgili bilmemektedir,ve DTD kullan�m� ge�ersiz belgeler verecektir. Ancak, JReferences birimi Jreferences kadar DocBook'da bilmektedir( DocBook i�y�z�n� bilenler i�in: hen�z SVG ya da MathML ile ilgili de�il). Bundan �t�r�, bu birimi kullanma tekrar belgenizi onaylama imkan� verir. Yukar�daki �rnek ge�erli bir DocBook belgesidir.

Be�inci sat�r, makale ��esinin ba�lang�� bi�im imini i�erir. �imdiye kadar, �ok iyi. Yedinci sat�r, e�lencenin ba�lad��� yer: ilk jref ��esi. <jref:mode> ��esi artt�rarak kullan�lmak zorunda olan referans numaras�n�n hangi tip JReferences oldu�unu s�ylemek i�in kullan�l�r. Giri� b�l�m�nde, �stsimge say�lar�n�n normalde kullan�lmakta oldu�unu zaten yazm��t�m. Buna ra�men, bir�ok �e�enek vard�r. JReferences [1], 1 ve [Steinbeck99] destekler. Sonuncusu, referansta kullan�lan kodu verir. �rnek ilk se�ene�i kullan�r.

Sonraki birka� sat�r baz� temel DocBook i�eri�i i�erir, ve sonraki ger�ekten ilgin� sat�r onyedinci sat�rd�r. Bu sat�rda ilk referans �a��r�l�r. Latex kullan�c�lar� bunun i�in \cite{} kullan�r, JReferences bi�im imi <jref:cite id="SomeID"/> dir. ID, veritaban�nda bir referansa tekab�l eder, bu referansla ilgili daha sonra a��klama yap�lacakt�r. B�l�m�n bir sonraki para�raf� biri yine ilk referans olan iki referans i�erir.

Ger�ek referanslar� i�ermek i�in <jref:reflist/> yirmid�rd�nc� sat�rda kullan�l�r. Bu JReferences komutu, sira ile �a�r�lm�� referanslar�n listesini bi�imlendiren DocBook'a d�n��ecektir.

 

BibTeXML Veritaban�

JReferences sistemi bir veritab�n�na ihtiya� duyar, Latex/BibTex deki *.bib dosyalar� gibi. JReferences'in BibTeXML arkaplan� i�in deste�i vard�r, ayn� zamanda di�erleri i�in de (MySQL gibi). BibTeXML , Vidar Gundersen ve Zeger Hendrikse taraf�ndan geli�tirildi. JReferences da��t�m�ndaki (0.7.2) �rnek hen�z BibTeXML kullanmam��t�r, fakat �rnek makale �u �ekilde BibTeXML dosyas�na sahiptir:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<bibtex:file xmlns:bibtex="http://www.bitjungle.com/~bibtex/">

<bibtex:entry bibtex:id="Steinbeck99">
  <bibtex:article>
    <bibtex:title>JChemPaint - Using
        the Collaborative Forces of the Internet to
        Develop a Free Editor for 2D Chemical
        Structures</bibtex:title>
    <bibtex:author>Steinbeck, C. and
                      Krause, S. and
                      Willighagen, E.</bibtex:author>
    <bibtex:year>2000</bibtex:year>
    <bibtex:volume>5</bibtex:volume>
    <bibtex:pages>93-98</bibtex:pages>
  </bibtex:article>
</bibtex:entry>

<bibtex:entry bibtex:id="Bachrach99">
  <bibtex:article>
    <bibtex:title>End-User Customized Chemistry Journal
    Articles</bibtex:title>
    <bibtex:author>Bachrach, S. and
                      Krassavine, A. and
                      Burleigh, D.</bibtex:author>
    <bibtex:journal>J.Chem.Inf.Comput.Sci.</bibtex:journal>
    <bibtex:year>1999</bibtex:year>
    <bibtex:volume>39</bibtex:volume>
    <bibtex:pages>81-85</bibtex:pages>
  </bibtex:article>
</bibtex:entry>

</bibtex:file>

�kinci sat�r, <bibtex:file> root ��esi i�in ba�lang�� bi�im imi i�erir. Bu gibi bir dosya, bir veya daha fazla <bibtex:entry> ��eleri i�erir. Ek olarak; her kay�t bir BibTeXML referans tipi: article, book, inbook, incollection, unpublished, misc ve di�erleri 'nden olu�ur. Her bunun gibi referans bu tip i�in �zel ��eler i�erir, fakat bunlar�n say�s� ortakd�r, <bibtex:title> ve <bibtex:year> gibi. JReferences da��t�m BibTeXML DTD i�erir, b�ylelikle herhangi DTD aware XML edit�r� kolayl�kla BibTeXML belgesi d�zenler. Ayr�ca; JReferences, otomatik olarak $HOME/.kde/share/apps/katexmlplugin e y�klenen, KDE 3.x deki Kate i�in Meta DTD'leri kapsar. (Bak�n�z: DocBook XML Belgelerine D�zenleme)

[kate]
Editing BibTeXML files with Kate, its XML plugin and JReferences' BibTeXML Meta DTD.
 

Kaynak�a Yaratma

Yukar�daki iki �rnek �zerinde d���nelim. DocBook belgesi article.docbookxml olarak, ve referans veritaban� references.bibtexml olarak kaydedilir. JReferences hen�z bibtex program� gibi bir ara� kapsamamaktad�r, fakat benzer olarak birka� komut i�inde yap�labilmektedir. A�a��daki komutlar JReferences'i Unix-benzeri sisteme, Linux gibi, y�kledi�inizi varsaymaktad�r (a�a��ya bak�n�z):

jref-clear --filedb
jref-set --filedb --bibtexml references.bibtexml
jref-number --filedb article.docbookxml > article-numbered.docbookxml

article-numbered.docbookxml olarak adland�r�lan sonu� dosyas� hi�bir <jref:*> ��esi olmayan ge�erli DocBook XML 4.1.2 belgesidir ve DocBook XML belgesine d�n��t�rmek i�in kullan�lan herhangi bir ara� taraf�ndan i�lenmi�tir, �rne�in PDF. (DocBook ile PDF elgelerinin yap�m� ile ilgili �rene�e bak�n�z DocBook).

[result]
Numaraland�r�lm�� referanslar ve kaynak�a i�eren PDF sonucu

Bilmeniz gereken bu kadar.

 

T�r Bi�imlendirme

Bir ilgin� husus daha var. BibTex t�rleri destekler, ��nk� bir�ok derginin, kaynak�an�n nas�l bi�imlendirmesi �zerine �zel gereksinimleri vard�r. �u an i�in JReferences sadece iki t�r i�ermektedir. �lk olan� ger�ekten bir t�r olmayan baz� varsay�lan DocBook XML bi�imi. Ancak, Amerikan Kimyasal Toplulu�u (ACS) taraf�ndan istenen ve ayn� zamanda JReferences'da mevcut olan bir t�r daha vard�r.

<jref:reflist> ��esinin varsay�lan t�r yerine kulland���n�z t�r� kurmak i�in @style �zniteli�i vard�r. ACS t�r�n� kullanmak i�in yirmi���nc� sat�rda �u de�i�ikli�in yer almas�na gereksinim vard�r.

<jref:reflist style="ACS"/>
 

JReferences Y�kleme

JReferences Java 1.3 (ya da daha y�ksek) donan�m, Xerces, Log4J ve DocBook XML DTD 4.1.2'ye gereksinim duyar. Baz� ara�lar python ( BibTex'den BibTeXML d�n���m i�in) ve Perl (EndNote'un BibTex ��kt�s�n� temizlemek i�in) gibi ek ara�lara ihitya� duyarlar.

E�er bunlar y�klendiyse, JReferences �unlar� yaparak y�klenebilmektedir:

./configure --prefix=$HOME
make
make install

E�er baz� ara�lar bulunam�yorsa, �u se�enekleri deneyin: --with-xercesdir, --with-log4javadir ve --with-sgmldir. Bu se�eneklerle ilgili daha fazla bilgi i�in: "./configure--help" yaz�n�z.

 

Proje

JReferences �u an yakla��k iki ya��nda, ve bir�ok defa indirilmi� olmas�na ra�men, fazla geribildirim alamad�m. Bunlar, benim ki�isel deneyimlerim d���nda. Son bir ka� ayd�r, JReferences ger�ek bilimsel makale yaz�m� i�in ba�ar�yla kulan�lmaktad�r. Ne �l��de olursa olsun, herhangi a��k kaynak projesi gibi, herhangi yorumlara, raporlara, fikirlere ve ba�ar� hikayelerine JReferences Proje Sanaldoku Y�resi'nde yer verilir.

 

Referanslar

 

Bu yaz� i�in g�r�� bildiriminde bulunabilirsiniz

Her yaz� kendi g�r�� bildirim sayfas�na sahiptir. Bu sayfaya yorumlar�n�z� yazabilir ve di�er okuyucular�n yorumlar�na bakabilirsiniz.
 talkback page 

G�rsely�re sayfalar�n�n bak�m�, LinuxFocus Edit�rleri taraf�ndan yap�lmaktad�r
© Egon Willighagen, FDL
LinuxFocus.org
�eviri bilgisi:
en --> -- : Egon Willighagen <egonw(at)linuxfocus.org>
en --> tr: T�lin Kaman <tkaman(at)be.itu.edu.tr>

2002-09-24, generated by lfparser version 2.31